آزمایشگاه آزاد؛ بدون نیاز به ورود
از دی‌ان‌ای تا پروتئین؛ معنی سه باز
چطور سه باز کنار هم می‌تونن به ساخت یک پروتئین راه بدن؟ اینجا هر بار یک کدون رو عوض کن و ببین در جدول ژنتیکی استاندارد به چه اسیدآمینه یا پیام توقفی می‌رسه.
آزمایش رو شروع کنسه باز رو از گزینه‌ها انتخاب کن و اجرا رو بزن. این صفحه فقط یک سه‌تایی رو بررسی می‌کنه؛ لغزنده‌ی شماره‌ی کدون روی نتیجه اثر نمی‌ذاره.
آزمایشگاه در حال آماده شدنه…
حالا خودت امتحان کن
هر بار فقط یک چیز رو تغییر بده تا اثرش رو ببینی. قبل از اجرا، نتیجه رو حدس بزن.
با یک باز، کدون شروع عوض می‌شه؟
بازها رو روی A، T، G بذار و اجرا کن. بعد فقط باز سوم رو از G به A تغییر بده و دوباره اجرا کن.
حدست چیه؟ با این تغییر، کدون هنوز با AUG شروع همخوانی داره؟
توضیح نتیجه رو ببین
ATG در این مدل به AUG و متیونین (Met) می‌رسه و نشانگر شروع روشنه؛ ATA به AUA و ایزولوسین (Ile) می‌رسه و نشانگر شروع خاموش می‌شه. این بررسی فقط خود کدون رو می‌بینه، نه جایگاهش در یک رشته‌ی کامل mRNA.
دو کدون، یک اسیدآمینه
بازها رو اول روی T، T، T بذار و خروجی رو یادداشت کن؛ بعد فقط باز سوم رو C کن و دوباره اجرا کن.
حدست چیه؟ با عوض شدن باز سوم، نام اسیدآمینه هم عوض می‌شه؟
توضیح نتیجه رو ببین
TTT به UUU و فنیل‌آلانین (Phe) می‌رسه؛ TTC هم به UUC و همان اسیدآمینه می‌رسه. این دو کدون در این مقایسه مترادف‌اند، اما شاخص «کدون مترادف» ویجت در هر دو حالت ۵۰٪ می‌مونه و این مقایسه رو حساب نمی‌کنه.
توقف یعنی اسیدآمینه‌ی تازه؟
بازها رو روی T، A، A بذار و اجرا کن. بعد باز دوم رو C کن تا TCA ساخته بشه و نتیجه رو دوباره ببین.
حدست چیه؟ کدون TAA یک اسیدآمینه می‌سازه یا علامت پایان ترجمه است؟
توضیح نتیجه رو ببین
TAA به UAA و پیام STOP می‌رسه؛ شاخص توقف ۱۰۰٪ می‌شه. TCA به UCA و سرین می‌رسه و شاخص توقفش صفره. STOP نام یک اسیدآمینه نیست؛ در یک رشته‌ی کامل، علامت پایان ترجمه است.
پشت این حرکت چه خبره؟
کدون، گروه سه‌تایی بازها
در mRNA، ریبوزوم اطلاعات رو سه باز سه باز می‌خونه؛ هر گروه رو کدون می‌گیم. بیشتر کدون‌ها یک اسیدآمینه رو مشخص می‌کنن و بعضی‌ها پیام توقف‌اند. در این ابزار، سه‌تایی DNA مثل رشته‌ی کدکننده در نظر گرفته شده، پس T به U تبدیل می‌شه؛ اگر ورودی رشته‌ی الگو باشه، باید مکمل‌سازی هم انجام بشه.
از mRNA به اسیدآمینه
رونویسی، اطلاعات DNA رو به mRNA منتقل می‌کنه و به‌جای T از U استفاده می‌کنه. بعد در ترجمه، ریبوزوم کدون‌های mRNA رو می‌خونه و زنجیره‌ی اسیدآمینه‌ها رو می‌سازه. این شبیه‌سازی فقط یک کدون و یک خروجی رو نشان می‌ده؛ خودش کل زنجیره‌ی پروتئین رو نمی‌سازه.
شروع و توقف در یک رشته
AUG کدون شروع رایج در mRNA است و متیونین را هم رمزگذاری می‌کند. ریبوزوم از جایگاه شروع، mRNA را در چارچوب سه‌تایی می‌خواند تا به کدون توقف برسد. ابزار فقط بررسی می‌کند سه‌تایی ورودی ATG هست یا نه؛ جایگاه شروع، چارچوب خواندن و رشته‌ی اطرافش را نمی‌سنجد.
کدون مترادف یعنی چی؟
چند کدون متفاوت می‌تونن یک اسیدآمینه رو مشخص کنن؛ مثلاً UUU و UUC هر دو فنیل‌آلانین می‌سازن. برای فهمیدن این‌که یک تغییر مترادف بوده، باید دو کدون رو مقایسه کنی و ببینی اسیدآمینه عوض شده یا نه. شاخص مترادف در این ویجت چنین مقایسه‌ای انجام نمی‌ده و همیشه ۵۰٪ می‌مونه.
کد ژنتیکی همیشه یکیه؟
جدول استاندارد کد ژنتیکی در بیشتر جاندارها بسیار شبیهه، اما استثناهایی هم وجود داره؛ مثلاً بعضی میتوکندری‌ها جدول متفاوتی دارن. این شبیه‌سازی فقط جدول استاندارد رو به کار می‌بره و نوع جاندار یا اندامک رو نمی‌پرسه.
سؤالت رو بپرس، جوابش رو هم ببین
وقتی توی چت دربارهٔ یک مفهوم درس می‌خونی، دستیار هوش مصنوعی می‌تونه شبیه‌سازی مرتبط رو کنار توضیحش نشون بده. پارامترها رو تغییر می‌دی و با کمک توضیح بعدی، نتیجه رو بهتر می‌فهمی.
شروع یادگیری با چتبرای ادامه در چت، وارد مسیر شروع و ورود می‌شی. نتیجهٔ این آزمایش به چت منتقل نمی‌شه.
نمونهٔ نمایشی از آموزش در چت
چرا TTT و TTC هر دو یک اسیدآمینه می‌دن؟
هر کدون رو با جدول ژنتیکی mRNA مقایسه کن: TTT در این مدل به UUU و TTC به UUC تبدیل می‌شه، و هر دو فنیل‌آلانین رو مشخص می‌کنن. این یعنی در این مقایسه، عوض شدن یک باز اسیدآمینه رو تغییر نداده. شاخص مترادفِ خود ویجت این فرق رو نمی‌سنجه و همیشه ۵۰٪ می‌مونه.
سؤال‌های رایج
چرا در mRNA به جای T از U استفاده می‌شه؟
RNA از باز U استفاده می‌کنه و DNA از T. در این ابزار، سه‌تایی ورودی مثل رشته‌ی کدکننده در نظر گرفته شده؛ اگر رشته‌ی الگوی DNA رو وارد کنی، نتیجه‌ی رونویسی باید مکمل اون باشه و مدل این مرحله رو انجام نمی‌ده.
آیا AUG فقط پیام شروعه؟
AUG هم متیونین رو مشخص می‌کنه و هم کدون شروع رایجه. اما شروع ترجمه به جایگاه و چارچوب خواندن رشته‌ی کامل وابسته است؛ ویجت فقط خود سه‌تایی ATG رو علامت می‌زنه.
کدون توقف یک اسیدآمینه است؟
نه. کدون توقف مثل UAA پیام پایان ترجمه می‌ده و اسیدآمینه‌ای به زنجیره اضافه نمی‌کنه. ابزار کلمه‌ی STOP رو در همان خانه‌ی خروجی نشان می‌ده تا پیامش دیده بشه.
چرا تغییر شماره‌ی کدون چیزی رو عوض نمی‌کنه؟
چون ابزار فقط همان سه باز انتخاب‌شده رو محاسبه می‌کنه و رشته‌ی چندکدونی نداره که جایگاهش رو عوض کنی. برای همین لغزنده‌ی شماره روی خروجی اثر نداره.
پس چرا شاخص کدون مترادف ۵۰٪ نشان می‌ده؟
این عدد در ویجت ثابت می‌مونه و از مقایسه‌ی دو کدون به دست نمی‌آد. برای درس، خود کدون و اسیدآمینه‌ی خروجی رو بین دو اجرا مقایسه کن.
همه‌ی جاندارها از همین جدول استفاده می‌کنن؟
جدول استاندارد در بیشتر جاندارها کاربرد داره، اما چند جدول متفاوت هم وجود داره؛ بعضی کدون‌ها در میتوکندری‌ها معنی دیگری دارن. این ابزار فقط جدول استاندارد رو نشان می‌ده.